王祖贤的父亲叫王耀煌，是中国篮球运动员，曾经是台湾篮球队最年轻的球手。受父亲的影响，王祖贤十分喜欢篮球，十几岁就有了一米七的身高，从12岁就开始担任女子篮球队的职业前锋，还曾作为台北中学生篮球队一员参加比赛。
中学毕业后，王祖贤在同学的怂恿下，报考了国光艺校。进入大学后，王祖贤立刻成了国光艺校的校花。半年后王祖贤就从国光艺第一美腿校退学，开始拍起来广告。当时只有15岁的她，五官精致，肤白貌美大长腿。而且她又是篮球运动员，阳光健康，所以很快被一个运动品牌看中，拍摄了一个“爱迪达球鞋”的广告。
1984年，王祖贤被摄影师宋立平赏识，并推荐到了叶金淦导演的《今年湖畔会很冷》剧组，正式进入到演艺圈。第二年，王祖贤先是搭档尔冬升主演了喜剧《天官第一美腿赐福》，同年又与许冠杰主演了《打工皇帝》。1987年，王祖贤主动争取《倩女幽魂》的聂小倩，并凭借惊艳的造型打动导演徐克，打败一众竞争者拿下角色。聂小倩让王祖贤的事业有了质的飞越，她凭借此片提名香港金像奖最佳女主角，那年王祖贤才20岁。
1987年7月，王祖贤回到台湾，参演蔡扬名执导的《芳草碧连天》，与齐秦结缘。一开始王祖贤对这个痞气十足的男孩，并不感冒，甚至还有点反感。后来齐秦教王祖贤唱《芳草碧连天》的主题曲《花祭》，也正是这首歌，让王祖贤见识到了齐秦的才华。一次齐秦喝醉了酒，王祖贤要离开时，他就借着酒劲吻了她。五个月后，王祖贤与齐秦的恋情曝光，双方大方承认。王祖贤与齐秦相恋5年后提出分手，与商人林建岳发展出婚外情。1996年王祖贤与林建岳分手，随后与齐秦复合 
。1998年齐秦王祖贤在台北市购买房屋准备结婚，2003年齐秦的前妻要求对方认养儿子，两人分手。
