抗战爆发后，中共中央南方局暨八路军驻重庆办事处正式到山城办公。周恩来在重庆住在曾家岩50号，这里原为重庆地方人士赵少龙和赵佩珊夫妇的私产，他们为躲避日军轰炸迁往乡下，房子被国民党立法委员陈长蘅租住。1939年2月，邓颖超以周恩来名义从陈长蘅手里租用部分房屋，作为周恩来和南方局在城里的办公地点，对外则用周公馆的名义。
曾家岩50号前楼直接临街，楼后是一个细长的天井，后楼三层，是周公馆的主体建筑，当时一些办公室和会客室都设在此处。穿出后楼是周公馆后院，院落不大，却是南方局的核心位置，因为前院天井是国共双方人员共同出入的地方，只有这个后院为中共独享，非常幽静、隐蔽。后院还有一排平房，是南方局工作人员的办公室和宿舍，院子左侧是周
恩来与邓颖超卧房兼办公室，右角是食堂和餐厅。
恩来与邓颖超卧房兼办公室，右角是食堂和餐厅。中共南方局文委当时也在周公馆办公，皖南事变后，国民党掀起了反共高潮。周恩来与南方局同事一道，选择话剧作为宣传舆论工具，发起组织了雾季公演。此间，重庆文化界先后创作排演了《天国春秋》《棠棣之花》《屈原》等100多部话剧，这个时期在中国现代话剧史上非常有名。
因为曾家岩周公馆离国民党首脑机关太近，周围环境又非常复杂，所以周恩来一般不住在那里，只有在城里工作很晚时才在曾家岩休息。当时南方局在重庆的办公场所主要有红岩村、上海周公馆曾家岩和新华日报社，红岩村是八路军驻重庆办事处，位于重庆郊区一片山地，原来是个果园，后来盖了一座三层简易小楼，作为南方局和办事处的办公场所。上海周公馆
抗战爆发后，周恩来父亲周贻能因年老体弱，被安置在红岩村居住，大家都称呼他周老太爷，邓颖超则叫他老爷子。1942年7月初，周恩来因病住进了歌乐山医院，此间周贻能突然中风去世。当时周恩来刚刚做了手术，大家知道他对父亲感情很深，怕他精神受刺激，于是便封锁了这个消息。
后来周恩来察觉出异常，经询问才知道父亲已去世三日，他对邓颖超大发雷霆：“老爷子过世这么大的事为什么要瞒着上海周公馆我，你跟我这么多年还不知道我？”周恩来随即致电毛泽东：“主席，归后始知我父已病故三日，悲痛之极，抱恨终天。当于次日安葬。”毛泽东很快复电：“尊翁逝世，政治局同人均深致哀悼，尚望节哀。重病新愈，望多休息，并注意以后在工作中节劳为盼。”周恩来拖着病体为父亲守灵，随后将其安葬在红岩村附近的一处墓地。
从1939年至1946年，周恩来在曾家岩和红岩村居住了整整7年。
